במפעלים רבים ובתעשיית ההייטק מותקנים שעוני נוכחות ביומטריים המחליפים את שעוני הנוכחות הישנים שפעלו באמצעות כרטיס מגנטי. שעון נוכחות ביומטרי הוא שעון יעיל ואפקטיבי יותר עבור בעלי מפעלים, תעשיות הייטק ואפילו עסקים בינוניים או קטנים שמעסיקים למעלה מעשרה עובדים.העיקרון של שעון נוכחות ביומטרי הוא עיקרון נורא פשוט. כשהעובד נכנס למקום העבודה בתחילתה או יוצא ממקום העבודה בסופה, במקום להעביר כרטיס מגנטי דרך הפס המגנטי בשעון הנוכחות, כל שעליו לעשות הוא להעביר את אחת מאצבעותיו על עינית שסורקת את טביעת האצבע הביומטרית שלו וכך מאשרת את פעולתו – האצבע בעצם מחליפה את פעולת הכרטיס.
המעבר בין שעון נוכחות רגיל לבין שעון נוכחות ביומטרי הוא מעבר מהיר וקל. טכנאי מכניס את טביעות האצבע של כל העובדים במפעל או בבית העסק, תהליך שלוקח כמספר שניות עד דקה בעבור כל עובד, ומיד אחר כך תביעת האצבע הביומטרי נקלטת אל תוך שעון הנוכחות הביומטרי של העסק, ומשלב זה שעון נוכחות ביומטרי בעצם יכול לקלוט את תביעות האצבע של העובדים בעסק.שעון נוכחות ביומטרי אומנם יקר יותר למעסיקים מאשר שעוני נוכחות רגילים, אך יתרונותיו ברורים בהחלט. תחילה, יש להבין כי הצורך של המעסיק לחלק לכל עובד כרטיס מגנטי הכולל את שמו ואת הזיהוי הייחודי שלו דרך הפס המגנטי של הכרטיס איננו קיים עוד עם שעון נוכחות ביומטרי – וזאת מפאת הסיבה שהעובד יכול להשתמש באצבעותיו בתור אמצעי זיהוי. כמו כן, מעסיקים רבים נאלצים להלחם בתופעה של העברת כרטיסים מגנטיים של עובדים שלא על ידי העובדים עצמם אלא באמצעות עמיתיהם לעבודה. באמצעות שעון נוכחות ביומטרי המעסיק יכול לוודא באופן חד משמעי איזה עובד התחיל את יום העבודה, יצא להפסקת אוכל או סיים את יום העבודה היות ולכל אדם יש טביעה ביומטרית אחת. על שעון נוכחות ביומטרי אי אפשר לעבוד, מכיוון שהוא מזהה תבנית ביומטרית של אצבע ועל פיה מזהה את העובד שעומד מאחוריה. ולכן, הכנסת שעון נוכחות ביומטרי לעסק במקום השעון נוכחות הישן פותר את המעסיק מחששות אלה.
בעיה נוספת שמסתמנת בעבודה מול שעון נוכחות רגיל היא בלאי של כרטיסי עובדים או של הפסים המגנטים המוטמעים בכרטיסים. בלאי שכזה דורש מבעל העסק להנפיק כרטיס חדש עבור העובדים. מלבד הבלאי, יכולים להיווצר מצבים בהם עובד שכח את כרטיסו בבית או בכלל כרטיסו עבד ועל בעל העסק להנפיק למעביד כרטיס חדש. כל כרטיס נוסף שבעל עסק מנפיק עבור שעוני הנוכחות הרגילים הוא הוצאה נוספת. שעון נוכחות ביומטרי פותר את המעסיק מהתעסקות מיותרת עם כרטיסים מגנטיים והנפקתם.